Justin Silverton, en su blog When Penguins Attack nos muestra 10 puntos que podríamos seguir para optimizar el rendimiento de nuestras querys MySQL. En resumidas cuentas:

1. Usar el comando EXPLAIN

2. Usar estructuras de permisos menos complejas

3. Usar el comando benchmark para medir el rendimiento de algunas funciones mysql específicas

4. Optimizar las cláusulas where

5. Ejecutar el comando optimize para defragmentar las tablas

6. Evitar columnas con tipo de datos de longitud variable allá donde se pueda

7. Usar inserciones con retardo (insert delay, o escritura perezosa)

8. Usar sentencias de prioridad (ej: INSERT LOW_PRIORITY )

9. Usar inserts de múltiples filas en lugar de múltiples inserts individuales
INSERT INTO tbl_name (a,b,c) VALUES(1,2,3),(4,5,6),(7,8,9);
10. Seguir estudiando a través de vídeos como éste