Es muy normal que en tu equipo tengas instalado Linux y Windows y es muy normal que Windows se degrade y tengas que reinstalarlo mientras que Linux sigue como una rosa. La reinstalación de Windows no respeta el MBR (Master Boot Record) existente, por lo que tendrás que regenerar el cargador de arranque para poder cargar Linux y Windows. Si no lo haces solo podrás arrancar Windows.

Para volver a cargar GRUB como cargador de arranque sigue estos pasos:

1. Arranca el sistema desde un Live CD de Linux. Puedes descargarte uno desde la página oficial de Ubuntu, por ejemplo.
2. Cuando el sistema este cargado abre un terminal.
3. Crea el directorio donde montarás tu partición de Linux: mkdir /mnt/linux (u otra ruta, la que decidas)
4. Monta la partición de Linux en el directorio recien creado: mount /dev/hda5 /mnt/linux
5. Finalmente carga GRUB: grub-install --root-directory=/mnt/linux /dev/hda

Reinicia y si todo fue bien ya estará GRUB cargado.

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